实际上，日本民间的战死者祭奠活动并非始于对外战争，而是始于1877年的一次大规模内战——西南战争(*8)。在此过程中，天皇将1874年佐贺之乱(*9)引发的西南战争之前的一系列叛乱事件中丧命的政府军相关人员共计6959柱（日语中称呼牌位时以“柱”为单位——译注）交由东京招魂社合祭(*10)。
另一方面，为了祭祀在此次内战中战死的本地英灵，各地自发主导开展了遵从传统、以地方共同体为中心的招魂祭，并建立了招魂碑。在和歌山县，旧藩主德川茂承等人举行了招魂祭，在千叶县的长生郡，人们在玉前神社内修建了长柄、埴生两郡战死者纪念碑。此外，为了祭祀东京警视第四方面第四分署警部巡查从军死者，该署员工在东京小石川音羽护国寺内修建了祭奠碑。
松江的事例正是这股潮流中的一个代表。在岛根县，内战结束后不久，松江招魂社动工兴建，10年后隆重举行了西南战死者十年祭(*11)。次年，即1888年，更是利用包括旧藩主和县知事乃至小学生在内的县内各界民众捐款，在松江城址内修建了“西南之役云石隐战死者纪念碑” (*12)。据说当时举行了建碑仪式、招魂祭和佛教法事，市内还装饰了大国旗、绿门和房檐灯笼等，数万围观者熙熙攘攘，就像庆祝战争胜利一般热闹。当时，为追悼战死的本地人，该县下辖的迩摩郡福光村村民和有志之士修建了祭奠碑，举行了神道的招魂祭和佛教的追悼法事，还举行了相扑表演等各种活动(*13)。战死者均被作为“本族的英灵”，有别于国家的名义，受到祭祀和表彰。
“国家层面”与“国民层面”——两种祭奠共存
如上所述，基于戊辰战争中旧藩主的忠臣祭奠活动和通过西南战争这场内战形成的“国家”意识，日本独特的战死者祭奠形式逐渐成形，而最终使之定型的则是日清战争（甲午战争——译注）这场全民投入的战争。在这一阶段，日本的战死者祭奠方式(*14)的基本形式开始固定，此后，通过日台战争(*15)、北清事变（义和团事件）、日俄战争等日本与异族之间的抗争和对外战争构建起来的军事支援体制和民族主义思想又进一步强化了这种形式。
也就是说，日本特有的战死者祭奠形式在这个时期成形了，即两种不同的祭奠活动并存：一个是天皇与军方将战死者作为靖国神社祭神的这样一种帝国日本的国家性祭奠活动，一个是另一层面的以“藩国”意识和地区社会传统与文化为基础的国民性祭奠活动。
20世纪30年代，军国主义抬头，在战死者祭奠问题上，采取了国家主义式的统一管控。具体内容就是忠灵塔修建运动和国家主导的护国神社创建运动。然而，只要观察一下全国各地町、村、字各级地区的战死者墓地就会发现，这些军国主义式的战死者祭奠活动并未渗透到所有国民的思想中。
莫如说，太平洋战争后，在遗族会运动日益兴起的过程中，靖国神社的战死者祭奠活动开始引起了人们的强烈关注。另一方面，坚持举行传统祭奠活动的町和村级地区的战死者公墓也依然如故。换言之，太平洋战争后的特点在于以靖国神社为代表的、基于英灵表彰活动的祭奠活动与基于反省和追悼的传统祭奠活动形成了两极分化，与战前的重大差异在于两者均以对于和平的祈愿作为基本思想。
对台湾人的差别化对待所反映出来的靖国神社合祭问题的本质矛盾
1887年制定靖国神社神职制后，过去以太政大臣之名实施的靖国神社合祭事宜转移到了陆海军大臣名下，靖国神社被作为天皇及陆海军祭奠战死者的宗教设施，至此以靖国神社为基轴的、帝国的战死者祭奠活动最终定型。
换言之，此项制度改革后合祭的告示权（合祭候选者选定权）由政府转移到军方，意味着过去勉强保持着国家行为形式的、通过靖国神社的国家性祭奠活动被限定成了陆海军开展的军方祭奠活动。这又催生了新的矛盾。那就是台湾人合祭问题。
由于帝国的战死者祭奠是以忠臣祭奠为原则，所以祭神的确定也取决于天皇的意志。依据皇地皇民主义思想，帝国日本长期采用的政策是将已被本国征服的土地上的被统治民族也作为帝国臣民予以同化。因此，日本不存在殖民地兵士。冲绳人首次被合祭到靖国神社是在日清战争（1984—95年）时期，北海道阿伊努人被合祭是在日俄战争（1904—05年）时期。此外，朝鲜人也在1926年作为“大正三年乃至九年战役”从军战死者被合祭(*16)到了神社中。
换言之，靖国神社的合祭资格条件和帝国的军人资格要件中并不存在民族方面的标准。可是，其中唯独没有台湾人。唯一的理由就是因为靖国神社合祭行为并非基于作为帝国国家确立的法律制度。这就引发了有关靖国神社合祭的台湾人差别化对待问题。
台湾原住民和台湾殖民地汉族居民原本就不认可、不欢迎日本对台湾的统治。占领台湾时期，台湾的汉族居民发起了激烈反抗，甚至演变为日台战争(*17)，即便是在平定反抗后，为了镇压和讨伐从清国殖民地时代就一直很猖獗的“土匪袭扰”和台湾原住民的民族性武力反抗，实施理蕃(*18)政策，大量警察和隘勇(*19)丧失了性命。
东京招魂社，1879年改称为靖国神社，被列入“别格官币社”（神社规格之一。日语“别格”意即特别。币乃币帛，为奉献给神灵供品的总称。官币社即由国家负责奉献币帛的神社）。照片为“九段（靖国神社所在地名）靖国神社”，是1910年发行的《东京名胜照片集》中的一张（国立国家图书馆网站）
在此背景下，1908年，台湾总督府提出希望将“因讨伐土匪及防御生蕃(*20)而牺牲的警察官吏”合祭到靖国神社中，由此引发了台湾人战死者合祭问题。不过，陆军省强烈反对台湾总督府的要求，并未考虑过同意此事。
可是，由于该问题事关统治政策的根本，台湾总督府不厌其烦，甚至是固执地尝试说服陆军省，两年后，陆军省终于同意了此事，但前提是台湾原住民组成的隘勇除外。台湾总督府立刻启动了合祭候选者筛选程序，1911年3月通过陆军大臣请示天皇“旨意”，但宫内大臣传旨称“吾皇未允”，即天皇不同意合祭台湾人，最终只得作罢，台湾人未能进入靖国神社合祭。
这再次证明了靖国神社的祭神决定权掌握在天皇手中。因此，忤逆天皇意志之人不可能被置入靖国神社中祭祀，假设存在这种情况，那恐怕就意味着这座神社不是靖国神社了(*21)。
有别于帝国的双重祭奠体系
对于台湾总督府而言，即使不能将战死的台湾人合祭到靖国神社内，也不能置之不理。因此，台湾总督府于1928年以“殉国者”之名祭祀“为国捐躯”的台湾战死者，并创建了招魂社用于祭祀“护国之神”。这就是以“明治28年改隶以后的台湾战死者、准战死者、殉职者、准殉职者及殉难者”为祭神的建功神社(*22)。建功神社中供奉着16805柱祭神，其中台湾汉人3339人，占19.9%，台湾原住民281人，占1.7%(*23)。由此产生了有别于帝国的另一种祭奠体系。
不过，由于昭和法西斯时期军国主义引发的日中战争趋向白热化，大量台湾人被征为文职军人、随军劳工，导致在大陆战场上丧命的台湾人增多，过去那种歧视性的对待方式再也无法维系。此外，继朝鲜之后，由于陆军特别志愿兵制度也被引入台湾，所以日本不得不允许战死的台湾人与朝鲜人一样进入靖国神社合祭，1942年，台湾护国神社动工兴建，用于祭祀“靖国神社祭神且与台湾相关人士” (*24)。当然，毋庸赘述的一点是此举背后存在着希望将征兵令适用于台湾人的意图。
于是，次年10月的第63次靖国合祭中，19柱台湾汉人进入了合祭之列。建功神社与台湾护国神社构成的具有不规范性的双重祭奠体系由此诞生，帝国的战死者祭奠体系日趋复杂化。
这就催生了一个巨大的矛盾。本来，靖国神社的祭神一直是通过“政府公报”进行公示，力图将其作为“国家的英灵”实现“国民的英灵化”，但或许是为了避免战争指挥官被追究中途岛作战失败的责任，并对国民隐瞒战局的不利情况，自1944年4月的第64次靖国合祭开始，合祭者名单就不再对外公示了。此后，靖国神社的祭神只是不为国民所知的“军队英灵”，战后则更加讳莫如深，只是“靖国神社的英灵”了。
战后，1959年建立首个国立战死者墓地
战后战死者祭奠活动的特点在于：由于国家遍地瓦砾和伤亡惨重等战败打击，国民的价值观和战争观发生了剧烈变化。这是受到了以对战争的后悔、反省及对和平的祈愿为基调的和平主义的影响所致，具体表现是新修了国家级战死者祭奠设施，开始举行普通民众一同追悼战死者的祭奠仪式。
1959年，为了“存放先前大战中在海外牺牲的战死者遗骨”，日本首个国立战死者墓地“国立墓地千鸟渊战死者墓苑（Chidorigafuchi National Cemetery）”(*25)建成。这也是日本唯一的国家级战死者祭奠设施。此外，作为国立祭奠设施，日本修建了冲绳战死者墓苑、广岛原子弹遇难者追悼和平祈念馆和长崎原子弹遇难者追悼和平祈念馆，并在太平洋战争各战场修建了战死者祭奠碑和苏联强制扣押遇难者祭奠碑等特定祭奠设施。
1959年建成的千鸟渊战死者墓苑。截至2013年5月，六角堂内供奉着358260柱牌位
另一方面，还有很多诸如广岛和平纪念资料馆、东京都战死者灵苑、东京都祭奠堂等地方自治体修建的祭奠设施、以及太平洋战争全国战乱城市空袭死难者祭奠塔、满蒙开拓和平纪念馆、知览特攻和平会馆、周南市回天纪念馆(*26)等由特定相关人员团体修建的设施，此外，宗教设施除了靖国神社和护国神社外，还有善光寺日本忠灵殿等专门祭祀战死佛教徒的设施。
战后，日本也开始举行包括普通战死者在内的战死者追悼仪式，在终战纪念日——8月15日由政府主持举行的全国战死者追悼仪式正是这样一种标志性的仪式。当然，这个活动的祭奠对象是包括“日华事变（卢沟桥事变——译注）以后的战争”造成的战乱遇难者在内的死难者，并非所有帝国日本的战死者。地方自治体和地区共同体，或遗族会、扣留者团体、满蒙开拓团相关团体、归国者团体、战友会等相关人员团体会也自行举办祭奠追悼仪式来祭奠这些死难者。这里提到的祭奠追悼仪式多数是按照日本传统的战死者祭奠形式举行的。
如上所述，日本的战死者祭奠活动的特点主要有三点：一是因为起源于忠臣祭奠，所以形成了中央与地方两个层面；二是地方采用有别于中央（国家）名义的独特名义构建了独自的祭奠体系；三是它们保持着相互补充、相互不干涉的关系，两者共存一直延续至今。或许可以说这些特点全都根源于日本的文化传统。